Google ve Kimya Arasında ne bağlantı var?

Su moleküllerinin hidrojen bağlı yapıları gibi karmaşık sistemleri ve bunların çözünmedeki rollerini anlamak için kimyacıların muhtemelen tek kullandıkları network modeli Google PageRank sistemi değildir. Bununla birlikte, Amerika Washington State Üniversitesinden Aurora Clark, Google/Stanford Üniversitesinin geliştirdiği web sayfaları kataloglamak ve ilişkilendiren arama motorları için geliştirilen PageRank aşağıdaki formülünü kullanarak, araştırmacılar sadece kimyacıların işini kolaylaştırmamış, aynı zamanda yoğunlaşmış fazdaki moleküllerin biribirleri ile etkileşimi anlamak için yeni bir bakış açısı ortaya koymuş oldular. PageRank^® formülü [1]:

Basitçe Google’un orijinal PageRank (PR) formülü, genel ağda her bir sayfaya verilmiş linkleri sayar. Her bir sayfanın hangi konu ile alakalı olduğunu, kaç link aldığı ile bu link aldığı bu sitelerin hangi kaç tane link aldığına bakarak belirler. Bir sayfaya link verilmemişse hiçbiryerden muhtemelen hiç destek ve ilgi görmemiştir. Bu atıfa dayalı bir sistemdir belli olduğu gibi. Bazı linklerin konu ile alakalı yerlerden gelip gelmediği ve atıfların yanıltma amacı gidip gitmediği gerçekten alakalı atıflar olup olmadığı da ayrı bir problemdir. Yine de çok fazla miktarda link alan bir site, özellikle de bu linkler birçok farklı yerlerden atıf olıyorsa muhtemelen yüksek rank alacaktır. Mesela bloğuma verilmiş bir atıf özellikle ACS web uzantısının altında veya bir üniversite sayfasından gelmiş ise bu tür linkler çok fazla çeşitli başka prestijli konu ile ilgili kanallardan almış isem, muhtemelen PR değerim, bu sitelerden bir puan daha düşük de olsa yükselecektir.

Bayan Clark: “PageRank sadece bir sayfanın aldığı link sayısı değil, aynı zamanda sayfaların içeriğinin sizin sayfanızla kurduğu içerik ilişkisidir aynı zamanda” demekte. Arkadaşları ile yaptığı şey aslında PR ile suyun hidrojen bağları arasında bir benzerlik kurmak. “web sayfası yerinde su molekülünü ve link yerine de Hidrojen bağlarını koyuyoruz” demekte yazar ChemViews magazine verdiği mülakatta.

Yazarların PR kullanılarak yaptıkları çalışmalar için Unix ortamında bir yazılımla geliştirmeleri gerekmiş. Bu yazılımın Windows versiyonu sitelerinde görünmemekte. Bu yazılım yaptıkları ve/veya konu ile alakalı çalışmaları da aşağıdaki bilgilerle erişebilirsiniz.

Sözü Geçen Çalışmalar

1.	MOONEY, B. L.; CORRALES, L. R.; CLARK, A. E. MoleculaRnetworks: An integrated graph theoretic and data mining tool to explore solvent organization in molecular simulation. Journal of Computational Chemistry, 33, 2012. 853-860.
2.	HUDELSON, M.; MOONEY, B. L.; CLARK, A. E. Determining Polyhedral Arrangements of Atoms Using PageRank. Journal of Mathematical Chemistry, 2012. in press.
3.	MOONEY, B. L.; CORRALES, L. R.; CLARK, A. E. Novel Analysis of Cation Solvation Using Graph Theoretic Approaches. The Journal of Physical Chemistry B, 2012. in press.
4.	PAGE; LAWRENCE. Method for node ranking in a linked database. United States Patent 6,285,999, 1998.

Kaynak: 10.1002/chemv.201200020